Szkoły nie ominęły doświadczenia najtrudniejsze. W tarnowskim więzieniu zginął długoletni dyrektor szkoły Józef Gładyszowski, aresztowano i osadzono w więzieniu nauczycieli: Ewę Stecową, Bronisławę Schenkel, Hersza Zwechera, do obozów koncentracyjnych w Oświęcimiu i Neustadt-Glewe zesłano Zofię Czajkowską, która przebywała w niewoli do 1945 roku.